藥劑科是集醫(yī)院藥事管理、藥學(xué)服務(wù)、科研科教為一體的藥學(xué)專業(yè)技術(shù)部門。學(xué)科建設(shè)有藥品供應(yīng)、藥品調(diào)劑、醫(yī)院中藥制劑、臨床藥學(xué)、質(zhì)量監(jiān)控等。承擔(dān)全院藥品的供應(yīng)、調(diào)劑、臨床藥師制建設(shè)、藥品安全性監(jiān)測(cè)、處方點(diǎn)評(píng)、藥物咨詢、藥品檢驗(yàn)、藥學(xué)信息技術(shù)服務(wù)等工作；承擔(dān)院內(nèi)中藥制劑生產(chǎn)、檢驗(yàn)、研發(fā)、申報(bào)及等相關(guān)工作。藥劑科全科人員在院部統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)下，做到了在科室制度建設(shè)、質(zhì)量管理、服務(wù)理念等方面團(tuán)結(jié)協(xié)作、踏實(shí)工作、創(chuàng)新工作。
醫(yī)院建立以院長(zhǎng)為主任委員，醫(yī)療管理、藥學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)等相關(guān)科室人員為成員的醫(yī)院藥事管理與藥物治療學(xué)委員會(huì)。藥事管理與藥物治療學(xué)委員會(huì)下設(shè)九個(gè)質(zhì)量管理小組，人員結(jié)構(gòu)合理，職責(zé)明確。2013年修訂與完善醫(yī)院藥事管理和藥劑科的各項(xiàng)管理制度、操作規(guī)程、崗位職責(zé)等，匯編成六安市中醫(yī)院《藥事管理與藥學(xué)部門管理規(guī)范（2013年版）》，全冊(cè)共收載25條藥劑科管理相關(guān)政策法規(guī)，108條藥劑科管理相關(guān)制度和流程，26條藥劑科各崗位職責(zé)和各類藥學(xué)人員職責(zé)。制度建設(shè)為各項(xiàng)工作的開展提供有力的依據(jù)和保障。
藥劑科架構(gòu)設(shè)置有藥庫(kù)（包括中藥飲片庫(kù)、中成藥庫(kù)、西藥庫(kù)、藥品核算室）、調(diào)劑室（包括中藥飲片調(diào)劑室、周轉(zhuǎn)庫(kù)、中藥煎藥室、中成藥和西藥調(diào)劑室、靜脈用藥配置中心）、制劑室（包括中藥制劑室、飲片炮制室、消毒液配置室）、藥品檢驗(yàn)室、臨床藥學(xué)室（包括藥學(xué)信息室、中藥安全性監(jiān)測(cè)室、ADR和藥害事件監(jiān)測(cè)室、藥物研究室）以及三個(gè)分院藥學(xué)部門等。全科人員96人，其中藥學(xué)人員65人，護(hù)理人員21人，其他人員10人。高級(jí)職稱5人，中級(jí)職稱21人，研究生11人，本科生以上38人。
學(xué)科現(xiàn)設(shè)有中草藥房、煎藥房、中成、西藥房、靜脈藥物調(diào)配中心、藥庫(kù)、臨床藥學(xué)室、中藥制劑室、藥物檢驗(yàn)室，對(duì)各部門明確質(zhì)量與安全管理評(píng)價(jià)與考核指標(biāo)，制訂了藥學(xué)各部門質(zhì)量與安全檢查考核《質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)檢查評(píng)分表》，并結(jié)合實(shí)際開展標(biāo)準(zhǔn)化管理項(xiàng)目，不斷完善考核評(píng)價(jià)指標(biāo)，對(duì)醫(yī)院藥事管理和藥學(xué)部門的各項(xiàng)工作起到監(jiān)督、檢查、改進(jìn)的作用；承擔(dān)省級(jí)科研課題5項(xiàng)；同時(shí)積極參與省內(nèi)外各項(xiàng)藥事管理、中、西藥物合理應(yīng)用學(xué)術(shù)活動(dòng)、職業(yè)藥師技能競(jìng)賽活動(dòng)、參加全國(guó)中藥特色技術(shù)傳承人學(xué)習(xí)、參與全國(guó)第四次中藥資源在本地區(qū)的普查活動(dòng)、加強(qiáng)與醫(yī)院藥學(xué)界同行之間的交流，努力提高醫(yī)院藥事管理水平，不斷促進(jìn)學(xué)科更好發(fā)展。自1993年以來創(chuàng)辦院內(nèi)藥學(xué)刊物《杏林醫(yī)藥》（原《藥學(xué)通訊》）91期，對(duì)于臨床醫(yī)、藥、護(hù)工作中安全用藥、合理用藥起到了宣傳和溝通的橋梁作用。
于2009年建立了具有一定規(guī)模、設(shè)備完善的中藥制劑中心，2010年8月獲得醫(yī)療機(jī)構(gòu)制劑許可證（編號(hào)：皖20100017Z）。中藥制劑中心占地面積2000平方米，建筑面積1500平方米。已獲得11個(gè)中藥制劑品種批準(zhǔn)文號(hào)，為醫(yī)院中醫(yī)藥特色優(yōu)勢(shì)的發(fā)揮及科研科教開展提供了大力支持。
為實(shí)現(xiàn)藥學(xué)工作的信息化、規(guī)范化管理，加強(qiáng)藥學(xué)技術(shù)人員的崗位制度化、規(guī)范化操作培訓(xùn)，提高藥學(xué)服務(wù)意識(shí)和專業(yè)技術(shù)能力。以患者為中心、以“安全、有效、經(jīng)濟(jì)、適當(dāng)”合理用藥為目的，加強(qiáng)臨床藥師制建設(shè)，全科努力發(fā)揮藥學(xué)人員在臨床中醫(yī)藥優(yōu)勢(shì)、科研科教、中西藥物的合理應(yīng)用中作用。