藥劑科是集醫(yī)院藥事管理、藥學服務、科研科教為一體的藥學專業(yè)技術部門。學科建設有藥品供應、藥品調劑、醫(yī)院中藥制劑、臨床藥學、質量監(jiān)控等。承擔全院藥品的供應、調劑、臨床藥師制建設、藥品安全性監(jiān)測、處方點評、藥物咨詢、藥品檢驗、藥學信息技術服務等工作；承擔院內中藥制劑生產(chǎn)、檢驗、研發(fā)、申報及等相關工作。藥劑科全科人員在院部統(tǒng)一領導下，做到了在科室制度建設、質量管理、服務理念等方面團結協(xié)作、踏實工作、創(chuàng)新工作。
醫(yī)院建立以院長為主任委員，醫(yī)療管理、藥學、臨床醫(yī)學等相關科室人員為成員的醫(yī)院藥事管理與藥物治療學委員會。藥事管理與藥物治療學委員會下設九個質量管理小組，人員結構合理，職責明確。2013年修訂與完善醫(yī)院藥事管理和藥劑科的各項管理制度、操作規(guī)程、崗位職責等，匯編成六安市中醫(yī)院《藥事管理與藥學部門管理規(guī)范（2013年版）》，全冊共收載25條藥劑科管理相關政策法規(guī)，108條藥劑科管理相關制度和流程，26條藥劑科各崗位職責和各類藥學人員職責。制度建設為各項工作的開展提供有力的依據(jù)和保障。
藥劑科架構設置有藥庫（包括中藥飲片庫、中成藥庫、西藥庫、藥品核算室）、調劑室（包括中藥飲片調劑室、周轉庫、中藥煎藥室、中成藥和西藥調劑室、靜脈用藥配置中心）、制劑室（包括中藥制劑室、飲片炮制室、消毒液配置室）、藥品檢驗室、臨床藥學室（包括藥學信息室、中藥安全性監(jiān)測室、ADR和藥害事件監(jiān)測室、藥物研究室）以及三個分院藥學部門等。全科人員96人，其中藥學人員65人，護理人員21人，其他人員10人。高級職稱5人，中級職稱21人，研究生11人，本科生以上38人。
學科現(xiàn)設有中草藥房、煎藥房、中成、西藥房、靜脈藥物調配中心、藥庫、臨床藥學室、中藥制劑室、藥物檢驗室，對各部門明確質量與安全管理評價與考核指標，制訂了藥學各部門質量與安全檢查考核《質控標準檢查評分表》，并結合實際開展標準化管理項目，不斷完善考核評價指標，對醫(yī)院藥事管理和藥學部門的各項工作起到監(jiān)督、檢查、改進的作用；承擔省級科研課題5項；同時積極參與省內外各項藥事管理、中、西藥物合理應用學術活動、職業(yè)藥師技能競賽活動、參加全國中藥特色技術傳承人學習、參與全國第四次中藥資源在本地區(qū)的普查活動、加強與醫(yī)院藥學界同行之間的交流，努力提高醫(yī)院藥事管理水平，不斷促進學科更好發(fā)展。自1993年以來創(chuàng)辦院內藥學刊物《杏林醫(yī)藥》（原《藥學通訊》）91期，對于臨床醫(yī)、藥、護工作中安全用藥、合理用藥起到了宣傳和溝通的橋梁作用。
于2009年建立了具有一定規(guī)模、設備完善的中藥制劑中心，2010年8月獲得醫(yī)療機構制劑許可證（編號：皖20100017Z）。中藥制劑中心占地面積2000平方米，建筑面積1500平方米。已獲得11個中藥制劑品種批準文號，為醫(yī)院中醫(yī)藥特色優(yōu)勢的發(fā)揮及科研科教開展提供了大力支持。
為實現(xiàn)藥學工作的信息化、規(guī)范化管理，加強藥學技術人員的崗位制度化、規(guī)范化操作培訓，提高藥學服務意識和專業(yè)技術能力。以患者為中心、以“安全、有效、經(jīng)濟、適當”合理用藥為目的，加強臨床藥師制建設，全科努力發(fā)揮藥學人員在臨床中醫(yī)藥優(yōu)勢、科研科教、中西藥物的合理應用中作用。